ダークマギルスは色もアルターズっぽいですねー
ドールズだっけ？ってなることがよくある・・・

逆のような気がします。

ドールズはハルファの環境制御システムの防衛兵器として古代ハルファ人によって作られ(フォトンを動力源として活用)
1000年前に倒されたDFの残滓が宇宙を漂い、ハルファの原生生物に寄生したのがアルターズではないかと…。

そしてドールズの管理システムがDFの端末に侵食されて乗っ取られ、古代人らは自らの兵器によって滅んだと推測してます。
各地にある施設はその戦争の名残りでしょう。
ドールズの侵攻を食い止めるためのリージョン隔壁、人員や物資の輸送を担うリューカー、トンネルブリッジ、輸送トラック
学習して進化するドールズの情報を自動的に集めて訓練メニューを更新し続けるVR訓練施設トレイニア。
上級訓練施設のトリニテスやバトルディアは、それ自体に補給物資の製造機能もあったのでしょう。

それからDFは1000年周期で復活するのは御存じかと思いますが
旧PSO2から1000年後の世界であるNGSの舞台に「数百年前のクヴァリスでDFと戦った記録がある」のは辻褄が合いません。
つまり「ドールズDFはアークスの過去の戦闘データから作られた模造品」であり
本当のDF(恐らくアルターズの親玉)はこれから復活するのではないか？と思ってます。
スティアでは「鉱物」タイプのアルターズも出現してますし、有機物、無機物問わずに侵食し変異させる存在と言えば…DF。

フォーマーズについては、ドールズが倒したアークスから回収したデータを元に再現したクローンだと考えています。
ノイゼンプラントで出現するクォーツ・スコーディン、やけに小さくて弱いと思いませんか？
もしスコーディンがイタリア語のscoodinateから取ってるのであれば、和訳で「未調整の」という意味を持ちます。
ということは、プラント中枢までアークスに侵入されて慌てて培養槽から引っ張り出してきた未完成品ではないかと。

長文失礼しました。こういう考察(妄想)するのは楽しいですよね。

なかなか面白い考察ですね！

自分の考えでは1000年前に倒されたDFの残滓が宇宙を漂い、ハルファの原生生物に寄生したのがアルターズだと思ってます。
惑星ハルファやドールズは動力がフォトンっぽいので、元々は古代人の築いた惑星防衛兵器だったのではないかと…。
環境制御システム(浮島)をDFの端末に侵食されドールズも支配されて、旧ハルファ人は自ら作ったドールズにより滅ぼされたのかもしれませんね。

各地の施設はドールズと戦争をしたときの遺産と考えられます。
ドールズは学習進化機能があるようですし、それに合わせて自動的に訓練メニューを更新するVR訓練施設がトレイニア。
リージョン障壁でドールズの侵攻を阻止しつつ、リューカーデバイスやトンネルブリッジで自分たちの足を確保。
防衛に出てくる輸送トラックも物資や人員の運搬に活躍していたんでしょうね。
でも無限に生産されるドールズの物量には勝てず、制御システムも破壊や停止もできず彼らは絶滅してしまった…。

それに数百年前クヴァリスでDFと戦っていた過去は、DFの復活周期1000年と矛盾しますからね。
今のドールズDFは本当のDFではないのはほぼ間違いないのではないでしょうか。
つまり旧PSO2より1000年後の今、安藤が落ちてきたこのタイミングこそ本当のDFが復活するのではと。
ドールズは真のDF(アルターズの親玉)が復活のために力を蓄える、そのための武器でしかなかったということでは？

加えてフォーマーズとは、ドールズが収集したアークス所有のデータを元に別のプラントで作られたクローンだと思います。
例えばクォーツ・スコーディンという名前、もしイタリア語のscoodinateから取ったのであれば和訳で「未調整の」という意味。
ノイゼンプラントまでアークスが侵入してきたので防衛システムが慌てて「未調整のまま」出してきたのかもしれません。
だから旧の頃より小さくて弱いんですね。
本来は時間を掛けてネクスと同サイズくらいまで成長させる個体なんじゃないでしょうか。

それから換金アイテムのリアクターはドールズのコア(動力源)と推測しています。
レスタ/リバーサーサインは惑星ハルファに張り巡らされたエネルギーラインから漏れ出したフォトンが結晶化したものであり、
DFの腕やエネルギー球を破壊した時にサインがばら撒かれるのは、凝縮されたフォトンが一気に放出、結晶化するためと思われます。
エイジスの最後の攻撃はリアクターのエネルギーでは不足し、本当のDFから闇のエネルギーを補充しようとしたのでは？

マノンの最後の浮かない表情はDFの復活周期と辻褄が合ってないことに事前調査で気付いていたのかも？
色々と考察(妄想？)するのは楽しいですよね。